I principi di biochimica di Lehninger 6E

Metabolismo dell’RNA

http://themedicalbiochemistrypage.org/rna.html

Questo sito tratta gli argomenti di base sul metabolismo dell’RNA, tra cui l’RNA polimerasi, la trascrizione, la maturazione dell’RNA e lo splicing. Inoltre, descrive alcune delle conseguenze mediche dei difetti nella maturazione dell’RNA. Illustrazioni chiare e accattivanti, oltre a collegamenti ipertestuali ad altre vie metaboliche, fanno di questo sito un’eccellente risorsa per gli studenti. Creato da Michael W. King della Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana, che ha anche messo a disposizione le diapositive della sua lezione sull’argomento (da un link nella pagina principale del corso (http://themedicalbiochemistrypage.org).

La molecola del mese della PDB (PDB Molecule of the Month)

L’RNA polimerasi

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=40

L’RNA capace di auto-splicing

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=65

I piccoli RNA interferenti (Small Interfering RNA, siRNA)

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=98

La trascrittasi inversa

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=33

Il database della RNasi P

http://www.mbio.ncsu.edu/RnaseP/

Le molecole di tRNA trasportano amminoacidi al ribosoma perché vengano incorporati nelle proteine neo-sintetizzate. La RNasi P è una ribonucleoproteina (formata dalla combinazione di RNA e proteina) che genera tRNA maturo dal suo precursore, scindendo nucleotidi dall’estremità 5' del tRNA. È un passaggio cruciale nella preparazione del tRNA e nella sintesi proteica in generale. Questo sito è la migliore risorsa online disponibile sulla RNasi P. Contiene le sequenze delle RNasi P di molti organismi differenti, gli allineamenti di sequenza, la struttura secondaria, i modelli 3D e molto altro. Le informazioni sono corredate da numerosi collegamenti a risorse correlate, quali il sito del National Center for Biotechnology Information (NCBI) e la Protein Data Bank (PDB). Un’ottima risorsa per studenti dei corsi avanzati di biochimica, interessati alla sintesi delle proteine o all’RNA in generale. Il sito è aggiornato da James Brown ed è ospitato dall’Università di Stato della North Carolina.

Il mondo a RNA

http://www.rna.uni-jena.de/rna.php

Questo sito è la migliore risorsa sull’RNA disponibile sul web. Contiene database di sequenze, mappe della struttura secondaria, strutture 3D, strumenti per la previsione delle strutture e altro ancora. Gli appassionati di RNA possono scaricare vari pacchetti software da utilizzare in laboratorio, accedere a risorse online come MFOLD o tRNAscan, essere informati sui congressi dedicati all’RNA, accedere a materiale didattico, a recensioni di libri o a riviste scientifiche. È una risorsa fenomenale per i ricercatori, ma è anche un sito stupendo in cui gli studenti potranno avere una visione diretta dei risultati più all’avanguardia nella ricerca sull’RNA. A cura di Manja Marz dell’Università di Jena, Germania.

Problemi sull’espressione genica negli eucarioti

http://www.biology.arizona.edu/molecular_bio/problem_sets/mol_genetics_of_eukaryotes/eukaryotes.html

Un buon sito per testare tramite quiz le proprie conoscenze sulla sintesi e sulla maturazione dell’RNA, compreso lo splicing e gli RNA autocatalitici (ribozimi). Le domande sono a scelta multipla e ciascuna è corredata da una spiegazione dettagliata sull’argomento, che può essere visualizzata prima o dopo aver risposto al quesito. Una risposta corretta è accompagnata da un breve commento, mentre una errata porta direttamente alla visualizzazione delle spiegazioni. È un ottimo sistema di test online per ripassare i concetti importanti; questi siti sono altamente raccomandati per tutti gli studenti di biochimica. È parte di The Biology Project dell’Università dell’Arizona.

Trascrizione del DNA in RNA

http://www.rothamsted.bbsrc.ac.uk/notebook/courses/guide/trans.htm

La sintesi dell’RNA nella cellula avviene durante la trascrizione, quando un segmento di DNA è copiato nell’RNA. Una parte di questo RNA, detto mRNA, viene successivamente modificato ed esportato dal nucleo al citosol, per poi essere tradotto in proteine (si veda il Capitolo 27). Questo sito web presenta un breve ma utile schema dei passaggi della sintesi dell’mRNA maturo ed è indirizzato specialmente agli studenti di biochimica dei corsi di base. È parte del sito Molecular Biology Notebook Online, creato da Nathalie Castells-Brooke, del centro di ricerca Rothamsted Research.

DNA from the Beginning

http://www.dnaftb.org

Si tratta di un meraviglioso sito sul DNA, DNA from the Beginning, sviluppato dal Dolan DNA Learning Center del Cold Spring Harbor Laboratory. Il sito comprende 41 lezioni organizzate in tre gruppi principali, dedicati rispettivamente alla genetica classica (Classical Genetics), alle molecole della genetica (Molecules of Genetics), e all’organizzazione e al controllo genico (Genetic Organization and Control). Oltre all’ottima presentazione e all’eccellente livello delle informazioni, il sito è unico nel presentare il volto umano delle scoperte scientifiche.

Ciascuna lezione prevede una descrizione del concetto principale, alcune animazioni che presentano lo sviluppo del concetto dal punto di vista (e con le sembianze) degli scienziati che hanno eseguito gli esperimenti-chiave, un’intervista a un ricercatore del settore, un problema per testare la comprensione dell’argomento e infine una pagina di collegamenti utili.

Le lezioni pertinenti a questo capitolo sono:

Lezione 21 – L’RNA è un intermedio tra DNA e proteine (RNA is an intermediary between DNA and protein)

http://www.dnaftb.org/dnaftb/21/concept/index.html

Lezione 24 – Il messaggio dell’RNA viene rimaneggiato (The RNA message is sometimes edited)

http://www.dnaftb.org/dnaftb/24/concept/index.html

Lezione 25 – In alcuni virus l’informazione genetica è contenuta nell’RNA (Some viruses store genetic information in RNA)

http://www.dnaftb.org/dnaftb/25/concept/index.html

Lezione 26 – L’RNA è stata la prima molecola contenente l’informazione genetica (RNA was the first genetic molecule)

http://www.dnaftb.org/dnaftb/26/concept/index.html