I principi di biochimica di Lehninger 6E

Sintesi delle proteine

Traduzione dell’RNA in proteine

http://www.rothamsted.bbsrc.ac.uk/notebook/courses/guide/trad.htm

La sintesi proteica nella cellula è realizzata nel ribosoma, un complesso di proteine e RNA che traduce i messaggi dell’RNA in polipeptidi. Questo sito riassune gli eventi principali della sintesi proteica, tra cui inizio, allungamento e terminazione. Il testo è breve e corredato da chiare e utili illustrazioni; è un buon sito per studenti di biochimica dei corsi di base. È parte del sito Molecular Biology Notebook Online, curato da Nathalie Castells-Brooke.

La sintesi delle proteine

http://themedicalbiochemistrypage.org/protein-synthesis.html

Un fantastico sito web che analizza in dettaglio tutti gli aspetti della sintesi delle proteine. Inizia presentando gli esperimenti rivoluzionari che condussero alla decifrazione del codice genetico e procede fino a trattare le tre fasi della sintesi proteica. La sezione finale è una splendida discussione dei meccanismi di regolazione della sintesi proteica, compresi i ruoli di eme, interferoni e antibiotici inibitori della sintesi proteica. Il sito è vivamente consigliato agli studenti di biochimica interessati alla medicina. È stato creato da Michael W. King della Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana

La molecola del mese della PDB (PDB Molecule of the Month)

Le subunità del ribosoma

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=10

L’amminoacil-tRNA sintetasi

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=16

Gli RNA transfer

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=15

L’ubiquitina

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=60

Le importine

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=85

La clatrina

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=88

Le modificazioni post-traduzionali

http://themedicalbiochemistrypage.org/protein-modifications.html

Dopo che una proteina è stata tradotta sul ribosoma va incontro a molti eventi importanti: uno dei più comuni è l’addizione di carboidrati alla proteina neo-sintetizzata, un processo detto glicosilazione. Questo esauriente sito web tratta la glicosilazione in modo molto dettagliato, oltre ad altre modificazioni post-traduzionali quali la scissione proteolitica, la fosforilazione, ecc. Il sito è vivamente consigliato agli studenti di biochimica interessati alla medicina. È stato creato da Michael W. King della Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana

La traduzione dei nucleotidi in proteine sul sito ExPASy

http://kr.expasy.org/tools/dna.html

Uno strumento (“Translate”) che permette all’utilizzarore di inserire una sequenza nucleotidica, digitandola o incollandola da un’altra pagina, ottenendo la corrispondente traduzione in proteina. È anche possibile esercitare un certo controllo sul formato della sequenza restituita dal programma (cioè il codice amminoacidico a tre lettere, o quello a lettera singola). Il sito è ospitato dal Server di Biologia Molecolare dell’ExPASy (Expert Protein Analysis System) dello Swiss Institute of Bioinformatics.

Trasporto a destinazione (targeting) e degradazione delle proteine

Trasporto a destinazione e traslocazione

http://www.rockefeller.edu/pubinfo/proteintarget.html

Günter Blobel ha vinto il Premio Nobel per la Medicina e Fisiologia nel 1999 “per aver scoperto che le proteine possiedono segnali intrinseci che governano il loro trasporto e la loro localizzazione nella cellula”. Questo sito presenta una chiarissima e dettagliata animazione, sviluppata da Shawn McIntosh e da Blobel stesso, che riassume il lavoro che ha fruttato a Blobel l’assegnazione del premio.

Prevedere i segnali di targeting delle proteine con PSORT

http://www.psort.org/

Un accurato strumento per docenti o studenti dei corsi superiori di biochimica. L’utilizzatore inserisce una sequenza amminoacidica, PSORT la analizza alla ricerca di possibili peptidi-segnale contenuti al suo interno e restituisce le probabilità che essi indirizzino una proteina verso differenti compartimenti cellulari. Questo sito include anche un manuale e una lista di riferimenti bibliografici legati al database e agli algoritmi di ricerca di PSORT. Sviluppato originariamente da Kenta Nakai (Human Genome Center, Institute for Medical Science, Università di Tokyo), il sito è ora ospitato dal Brinkman Laboratory dell’Università Simon Frazer.