I principi di biochimica di Lehninger 6E

Enzimologia generale

Enzimi

http://themedicalbiochemistrypage.org/enzyme-kinetics.html

Un’ottima introduzione ai concetti standard sulla funzione enzimatica, come classificazione, velocità di reazione, cinetiche, coenzimi e altro. Per lo più costituito da testo, ma ben scritto ed esauriente. Il sito è curato da M.W. King della Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana.

ENZYME – Database della nomenclatura enzimatica (ExPASy)

http://www.expasy.org/enzyme/

Il più completo database della nomenclatura e delle descrizioni degli enzimi. Presenta anche il collegamento a una mappa interattiva di tutte le vie metaboliche cellulari conosciute, enzimi compresi (BioCarta – Pathways of Life). La pagina è parte del popolare ExPASy Molecular Biology Server, gestito dallo Swiss Institute of Bioinformatics (vedi Sitografia – Capitolo 3).

Database delle strutture degli enzimi (Enzyme Structures Database)

http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/enzymes/

Il più completo database di enzimi per i quali sono note le strutture tridimensionali. Organizzato per classe (vedi sopra il link al database ENZYME di ExPASy), una modalità molto approfondita e di aiuto per la consultazione. Per ciascun enzima vengono forniti la sequenza, la mappa della struttura secondaria, il codice identificativo della Protein Data Bank per accedere al file della struttura 3D, varie immagini statiche, disegni della topologia e l’allineamento di sequenze con proteine correlate. Davvero un sorprendente ricettacolo di informazioni.

Il sito è ospitato dall’EBI (European Bioinformatics Institute) e sostenuto economicamente dalla Wellcome Trust.

Cinetica enzimatica

Siti a cura dell’associazione ABLE (Association for Biology Laboratory Education)

Studio della cinetica della perossidasi (Enzyme Investigations for Introductory Courses)

http://www.ableweb.org/volumes/vol-13/6-pitkin.pdf

Una guida completa per lo studio della cinetica enzimatica in laboratorio con la perossidasi di rapa. Propone sette dettagliati esperimenti di laboratorio per misurare la variazione della velocità di reazione della perossidasi al variare delle condizioni. La parte introduttiva è breve ma chiara e comprende anche una guida all’uso dello spettrofotometro in enzimologia.

Benché il sito sia piuttosto datato, è comunque un ottimo strumento da utilizzare in laboratorio. A cura di Ruthanne Pitkin, Università di Shippensburg, e presentato dalla Association for Biology Laboratory Education (ABLE).

Uno studio enzimatico quantitativo (A Quantitative Enzyme Study Using Simple Equipment)

http://www.ableweb.org/volumes/vol-12/6-nichol/6-nichol.htm

Questo sito è una guida di laboratorio all’enzimologia, simile alla precedente guida sulla perossidasi. Presenta tecniche di estrazione e di dosaggio dell’enzima catalasi in un singolo periodo di tre ore. Molto approfondito, con utili suggerimenti e collegamenti. A cura di Beth Nichols e Linda Cholewiak, dell’Università di Princeton; anche questo è presentato dall’associazione ABLE.

Simbologia e terminologia della cinetica enzimatica

http://www.chem.qmw.ac.uk/iubmb/kinetics/index.html

Vi siete mai stupiti per il modo in cui gli enzimi vengono denominati e classificati? Questo sito presenta le raccomandazioni ufficiali definite dalla International Union of Biochemistry. Il sito è la più completa guida per i laboratori di ricerca di enzimologia in tutto il mondo. La versione web viene aggiornata da G. P Moss.

Esercitazioni sugli enzimi

http://biog-1101-1104.bio.cornell.edu/BioG101_104/tutorials/enzymes.html

Un bellissimo sito tramite cui mettere alla prova le vostre conoscenze di enzimologia rispondendo a quiz interattivi. Fornisce un feedback immediato alle vostre risposte. Un ottimo sistema per ripassare la cinetica enzimatica, anche se piuttosto limitato. A cura di Jon Glase e dello staff del corso BioG1101-1104 della Cornell University.

Catalisi enzimatica e regolazione

Problemi su energia, enzimi e catalisi

http://www.biology.arizona.edu/biochemistry/problem_sets/energy_enzymes_catalysis/energy_enzymes_catalysis.html

Una raccolta di 16 test a risposta multipla riguardanti energia, enzimi e catalisi. A ogni domanda è associata anche un’ampia pagina di spiegazioni. Un sito molto utile per gli studenti che debbano ripassare i concetti-base di enzimologia. Anche questa pagina fa parte del sito The Biology Project dell’Università dell’Arizona.

Carenza di G6PD (The G6PD Deficiency Homepage)

http://rialto.com/g6pd/

Che cosa succede quando un enzima non funziona come dovrebbe? Una carenza dell’enzima glucosio-6-fosfato deidrogenasi (G6PD) è ampiamente diffusa nel mondo. Questo enzima di solito catalizza la rigenerazione di NADPH, una molecola energetica di importanza cruciale, come l’ATP. Navigando in questo sito scoprirete le conseguenze di questa carenza, le cause della patologia e cosa si sta facendo per combatterla. Sito curato da Ramez Ethnasios.

I ligandi delle reazioni enzimatiche (Ligand Chemical Database for Enzyme Reactions, LIGAND)

http://www.genome.ad.jp/dbget/ligand.html

Un immenso database in cui effettuare ricerche: contiene tutte le reazioni enzimatiche note, comprese informazioni dettagliate sugli enzimi stessi, sui reagenti e sui prodotti, oltre che su altre importanti reazioni non catalizzate. Questo sito presenta anche mappe di percorsi biochimici, le corrispondenti sequenze geniche, le malattie genetiche note legate a vie metaboliche o a enzimi specifici, e molto altro. Ospitato dall’Università di Kyoto e parte della rete GenomeNet.

Reazioni ed enzimi

Biochimica interattiva

http://cti.itc.virginia.edu/~cmg/

Seguite il link "Enzyme Mechanisms" dalla pagina “Table of Contents” di questo sito, e troverete la pagina didattica “Aspartate Protease Mechanism Tutorial”, sul meccanismo dell’aspartilproteasi. Questa lezione interattiva, che impiega Java, vi mostrerà con esattezza i passaggi chimici della scissione proteolitica di un legame peptidico. Ottimo sito per studenti che abbiano già alcune conoscenze di base sulle scissioni di legami mediate da enzimi. Creato da Edward O'Neil e Charles Grisham, Università della Virginia.