I principi di biochimica di Lehninger 6E

REBASE (The Restriction Enzyme Database, Il database degli enzimi di restrizione)

http://rebase.neb.com/rebase/rebase.htmlh

Gli enzimi di restrizione costituiscono uno dei più potenti e ubiquitari strumenti a disposizione del moderno biochimico. Questi enzimi riconoscono e tagliano sequenze estremamente specifiche del DNA, e sono utilizzati in molti modi nei laboratori; inoltre, sono tutti enzimi che si trovano in natura e vengono impiegati dai microrganismi nei loro meccanismi di difesa. REBASE è un database estremamente completo degli enzimi di restrizione, comprendente anche i loro siti di riconoscimento nel genoma, i potenziali fornitori commerciali, le pubblicazioni più importanti, gli organismi fonte di enzimi, e persino le corrispondenti metilasi (il DNA batterico è protetto dalla digestione a opera delle proprie endonucleasi dalla metilazione, catalizzata da una specifica DNA metilasi). Il sito è la principale fonte online di questo tipo di informazioni.

Il coefficiente di estinzione (assorbimento) del DNA

http://www.owczarzy.net/extinct.htm

Calcolate il coefficiente di estinzione del DNA online! Gli acidi nucleici presentano un caratteristico picco di assorbimento a 260 nm. I ricercatori impiegano questa proprietà nella routine, per misurare la concentrazione o la purezza del DNA nei loro campioni. Il coefficiente di estinzione, tuttavia, varia con la composizione del filamento di DNA. Questo utile strumento di calcolo online considera qualsiasi sequenza di DNA e vi restituisce il suo coefficiente di estinzione. Creato da Richard Owczarzy, della Integrated DNA Technologies, è ospitato nel sito che segue.

Integrated DNA Technologies

http://biophysics.idtdna.com/

Se lavorate con il DNA e l’RNA nel vostro laboratorio, questi strumenti online possono essere di utilità inestimabile per progettare microarray, primer per il clonaggio e sequenze di RNA duplex per esperimenti di RNAi. Con gli strumenti offerti da questo sito, potrete prevedere la struttura secondaria dai dati di sequenza primaria ed eseguire un gran numero di altre attività.

Matrici di punti degli acidi nucleici (Nucleic Acid Dot Plots)

http://arbl.cvmbs.colostate.edu/molkit/dnadot/index.html
Un modo per analizzare sequenze di acidi nucleici è la matrice di punti, che rivela se due regioni di DNA hanno una sufficiente complementarietà di sequenza per appaiarsi tra loro.

Questo sito offre uno strumento (basato su Java) per analizzare due sequenze di DNA introdotte dall’utente e ricercare così somiglianze tramite una matrice tracciata online. Leggete le sezioni “Background information” e “Molecular Toolkit Help” per maggiori informazioni sull’impiego di questo strumento di analisi. Vi suggeriamo di visitare anche il sito che ospita la pagina, illustrato nel seguito. 

The Molecular Toolkit

http://arbl.cvmbs.colostate.edu/molkit/index.html
Un utile insieme di strumenti online per analizzare acidi nucleici e proteine. Sito curato da R.A. Bowen, dell’Università di Stato del Colorado.

Problemi sulla tecnologia del DNA ricombinante http://www.biology.arizona.edu/molecular_bio/problem_sets/Recombinant_DNA_Technology/recombinant_dna.html
Ancora una volta The Biology Project (Università dell’Arizona) ci presenta questo utile sito per testare le nostre conoscenze di base sulla tecnologia del DNA ricombinante. Le domande sono tutte a scelta multipla. Se viene fornita una risposta errata, viene presentata una dettagliata pagina didattica che spiega la teoria alla base della domanda. Un potente strumento didattico, specialmente a scopo di ripasso e revisione degli argomenti.

The J. Craig Venter Institute

http://www.tigr.org/

Il J. Craig Venter Institute si è costituito nel 2006 dalla fusione di diverse organizzazioni di ricerca: The Institute for Genomic Research (TIGR), The Center for the Advancement of Genomics (TCAG), The J. Craig Venter Science Foundation, The Joint Technology Center, e l’Institute for Biological Energy Alternatives (IBEA).

Attualmente il J. Craig Venter Institute è una vasta organizzazione multidisciplinare focalizzata sulla genomica.

GenomeBiology.com

http://genomebiology.com/home/

Questo sito presenta i più recenti articoli nella vasta area della biologia del genoma. Adattato alle vostre preferenze, vi fornirà solo gli articoli più interessanti e direttamente legati ai vostri temi di ricerca.