Introduzione alla biochimica di Lehninger 5E

Capitolo 11

Struttura del doppio strato lipidico fluido

http://blanco.biomol.uci.edu/Bilayer_Struc.html

Il sito descrive come raggi X e diffrazione di neutroni vengono utilizzati per determinare la struttura del doppio strato lipidico e la disposizione dei peptidi a elica al loro interno. Dal laboratorio di Stephen White, Università della California, Irvine.

 

Membrane

http://library.med.utah.edu/NetBiochem/membrane.htm

Un breve testo sui concetti di base relativi alle membrane biologiche, comprese struttura, composizione, compartimentazione e trasduzione del segnale a opera di proteine recettoriali. Parte di NetBiochem, curato da James Baggot e Sharon Dennis.

 

Ricerca sulle membrane lipidiche alla Humboldt-Universität

http://www2.hu-berlin.de/biologie/molbp/

Molti degli argomenti affrontati in questo capitolo, dalla fusione delle membrane ai trasportatori ABC, sono oggetto di ricerca nel Dipartimento di Biofisica Molecolare della Università Humboldt, a Berlino. Guardate i collegamenti sotto il titolo "Our Main Topics".

 

Trasporto di membrana

Il Premio Nobel 2003 per la Chimica

http://nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/2003/

Il premio è stato conferito a Peter Agre "per le sue scoperte sui canali nelle membrane cellulari” e a Rod MacKinnon "per gli studi strutturali e meccanicistici dei canali ionici". Il sito presenta le loro biografie, i discorsi ufficiali all’assegnazione del Nobel (Nobel Lectures) e molto altro. Per una breve panoramica, si veda la presentazione illustrata al link http://nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/2003/illpres/

 

Database delle Mutazioni nella Fibrosi Cistica

http://www.genet.sickkids.on.ca/cftr/app

La fibrosi cistica (CF), una delle malattie genetiche umane più diffuse, è causata da un difetto in un canale di membrana per lo ione cloruro. Il sito è un database internazionale dedicato alla raccolta delle mutazioni del gene CFTR. Indirizzato ai ricercatori sulla CF del Consorzio per la Fibrosi Cistica (Cystic Fibrosis Consortium), il sito offre anche collegamenti ad altri siti correlati alla CF. È mantenuto dal laboratorio del Dr. Lap-Chee Tsui dell’Ospedale Pediatrico di Toronto.

 

Conotossine da lumache marine

http://grimwade.biochem.unimelb.edu.au/cone/index1.html

Molte lumache di mare immobilizzano le loro prede con un veleno tossico. Molte di queste tossine sono piccoli peptidi che danneggiano la funzionalità dei canali proteici di membrana, causando la morte cellulare per fuoriuscita dei liquidi. Questo sito presenta una bella panoramica di queste tossine, dei loro canali-bersaglio, dei meccanismi di azione e degli effetti fisiologici, oltre a utili collegamenti a risorse correlate. Le belle immagini di tossine particolarmente rappresentative richiedono Chime per la loro visualizzazione; guardate il filmato QuickTime di un mollusco del genere Conus che pugnala la sua cena con l’arpione velenoso. Il sito è curato da Bruce Livett, dell’Università di Melbourne, Australia.

 

Capitolo 12

Trasduzione del segnale

Rassegna sulla trasduzione del segnale

http://themedicalbiochemistrypage.org/signal-transduction.html

Questo sito presenta una rassegna molto completa (costituita unicamente da testo) dei concetti importanti nella biologia della trasduzione del segnale. Tra gli argomenti principali, un’introduzione generale su come i segnali si muovono all’interno della cellula, una spiegazione approfondita delle varie classi di recettori di trasduzione del segnale, il ruolo della membrana cellulare nella via di segnalazione e altre importanti componenti enzimatiche. Il sito è stato creato da Michael W. King della Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana.

 

Molecole di biosegnalazione

Ormoni peptidici

http://themedicalbiochemistrypage.org/peptide-hormones.html

Questo sito rappresenta un’utile risorsa su struttura e funzione di varie famiglie di ormoni, che inducono molte importanti cascate di trasduzione del segnale nel corpo umano. Il sito include anche una tabella riassuntiva di strutture e funzioni, oltre alle descrizioni dei recettori per gli ormoni, delle molecole che fungono da secondi messaggeri e delle malattie correlate. Scritto per studenti interessati alle applicazioni mediche della biochimica, questo sito (come il precedente) è parte del sito The Medical Biochemistry Page (http://themedicalbiochemistrypage.org/index.php), creato e aggiornato da Michael W. King della Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana.

 

Ormoni steroidei

http://themedicalbiochemistrypage.org/steroid-hormones.html

Compagno del sito sugli ormoni peptidici (descritto qui sopra), presenta le più importanti caratteristiche di ormoni steroidei quali testosterone e cortisolo e descrive il loro ruolo nella trasduzione del segnale. Come il precedente, è stato creato ed è aggiornato da Michael W. King della Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana.

 

Biochimica della trasmissione nervosa

http://themedicalbiochemistrypage.org/nerves.html

I canali sono massicciamente implicati nella propagazione dell’impulso nervoso sia lungo una cellula nervosa sia tra neuroni (trasmissione sinaptica). Questo sito descrive i canali di membrana nel contesto dell’impulso nervoso, la loro struttura e le molecole (neurotrasmettitori) che hanno effetto su di essi. Raccomandato a studenti che possiedono nozioni di base di neurobiologia e sui canali di membrana. Anche questa sezione del sito, come le precedenti, è curata da Michael W. King della Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana.

 

Patologie legate ai canali ionici

http://neuromuscular.wustl.edu/mother/chan.html

Senza dubbio, si tratta del più esclusivo sito web sul tema dei canali ionici, dei trasmettitori, dei recettori e delle patologie correlate. Vi troverete una descrizione di quasi tutte le proteine che legano i canali, compresi i neurotrasmettitori. Le informazioni sono disponibili in formato schematico, sfortunatamente molto conciso, ma includono collegamenti ad altre risorse. Il sito è mantenuto dal Neuromuscular Disease Center della Facoltà di Medicina dell’Università di Washington.

 

Galleria di strutture proteiche NMR

http://www-nmr.cabm.rutgers.edu/photogallery/structures/index.html

Questa pagina contiene i link a dozzine di strutture proteiche, determinate presso il Center for Advanced Biotechnology and Medicine, Rutgers (Università di Stato del New Jersey). Tra le strutture di proteine determinate nel laboratorio di Steven Feiler, ve ne sono un certo numero i cui domini di legame sono trattati in questo capitolo: 

IRS-1, dominio PTB

http://www-nmr.cabm.rutgers.edu/photogallery/structures/html/page31.html

Tirosina fosfatasi

http://www-nmr.cabm.rutgers.edu/photogallery/structures/html/page32.html

Plecstrina, dominio di omologia della plecstrina N-terminale

http://www-nmr.cabm.rutgers.edu/photogallery/structures/html/page34.html

Fli-1, dominio di legame al DNA

http://www-nmr.cabm.rutgers.edu/photogallery/structures/html/page35.html

Shc, dominio SH2

http://www-nmr.cabm.rutgers.edu/photogallery/structures/html/page36.html

Shc, dominio PTB

http://www-nmr.cabm.rutgers.edu/photogallery/structures/html/page38.html

Dominio di morte associato a FAS

http://www-nmr.cabm.rutgers.edu/photogallery/structures/html/page37.html

 

La Molecola del mese della PDB (PDB Molecule of the Month)

http://www.pdb.org/pdb/101/motm_archive.do

David Goodsell dello Scripps Research Institute ha sviluppato una meravigliosa sezione associata alla Protein Data Bank: gli articoli dedicati alla Molecola del mese (Molecule of the Month). Scritti a un livello accessibile a un non-laureato, questi articoli presentano un ottimo schema di relazioni struttura-funzione su alcune proteine ben conosciute. Le molecole di trasduzione del segnale sono state argomenti popolari di questo sito.

Proteine G

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=58

Insulina

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=14

Tirosina chinasi Src

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=43

Canali del Potassio

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=38

Calmodulina

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=44

La pompa del calcio

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=51

Proteina fluorescente verde (GFP)

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=42

Recettore degli estrogeni

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=45

Soppressore dei tumori p53

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=31

 

Regolazione della biosegnalazione: regolazione del ciclo cellulare, oncogeni, geni soppressori dei tumori e morte cellulare programmata

Le vie dei processi cellulari – Il ciclo cellulare

http://www.genome.ad.jp/kegg/pathway/hsa/hsa04110.html

 

Apoptosi

http://www.genome.ad.jp/kegg/pathway/hsa/hsa04210.html

Questo database giapponese fa parte di KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) e mappa le vie metaboliche e regolatorie, fornendo collegamenti a informazioni specifiche su ciascun componente delle vie. Gli enzimi sono specificati utilizzando il numero identificativo EC (Enzyme Commission). Cliccate sul numero di un enzima o sul nome di un composto per maggiori informazioni. Utilizzate il menu a tendina per selezionare una specie su cui avere informazioni più dettagliate. La portata delle informazioni qui disponibili è enormemente vasta. KEGG è stato creato ed è manutenuto dall’Institute for Chemical Research dell’Università di Kyoto.

 

Oncogeni e Cancro

http://themedicalbiochemistrypage.org/oncogene.html

 

Soppressori dei tumori e Cancro

http://themedicalbiochemistrypage.org/tumor-suppressors.html

 

Fattori di crescita e Citochine

http://themedicalbiochemistrypage.org/growth-factors.html

In queste tre lezioni troverete una trattazione approfondita degli argomenti da una prospettiva biochimica e medica; queste pagine fanno parte del sito, vincitore di vari premi, The Medical Biochemistry Page, a cura di Michael W. King della Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana.

 

Capitolo 13

Termodinamica

http://themedicalbiochemistrypage.org/thermodynamics.html

Una buona rassegna su primo e secondo principio della termodinamica, sullo stato standard delle reazioni biologiche e sull’energetica delle reazioni accoppiate; sito curato da Michael W. King della Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana.

 

Tabelle di biochimica di NetBiochem: bioenergetica

http://library.med.utah.edu/NetBiochem/tabletit.htm – bioen

Un’utilissima raccolta di tabelle che riepilogano numerosi importanti concetti di bioenergetica. Gli studenti troveranno queste tabelle utili per consolidare e ripassare gli aspetti termodinamici del controllo del metabolismo, le reazioni redox, l’azione dei cofattori nel metabolismo, ecc. Parte di NetBiochem, è stato creato da James Baggot (Università Allegheny di Scienze della Salute) e Sharon Dennis (Università dello Utah).

 

Capitolo 14

Vie biochimiche di ExPASy (ExPASy Biochemical Pathways)

http://www.expasy.org/cgi-bin/search-biochem-index/

Cercate parole come "glycolysis" o " gluconeogenesis" e otterrete i collegamenti alle relative sezioni delle famose mappe "Biochemical Pathways" della Roche. Se sulla mappa cliccate sul nome di un enzima, verrete indirizzati alle corrispondenti informazioni della banca dati ENZYME sugli enzimi (http://enzyme.expasy.org/). Ottimo per visualizzare i dettagli delle singole vie metaboliche, anche se non è possibile ottenere un quadro globale.

 

Struttura e Metabolismo dei Carboidrati

Glicolisi http://themedicalbiochemistrypage.org/glycolysis.html

Gluconeogenesi  http://themedicalbiochemistrypage.org/gluconeogenesis.html

Il sito dedicato alla glicolisi tocca qualsiasi aspetto dalla digestione dei carboidrati fino alla regolazione della glicemia, mettendo al centro la glicolisi. Il sito sulla gluconeogenesi tratta le reazioni di deviazione, i loro substrati e la regolazione della gluconeogenesi. Illustrazioni chiare e accattivanti, oltre a collegamenti ipertestuali ad altre vie metaboliche, fanno di questo sito un’eccellente risorsa per gli studenti. Creato da Michael W. King della Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana.

Molecola del mese (PDB Molecule of the Month): gli Enzimi Glicolitici

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=50

 

Capitolo 15

Vie biochimiche di ExPASy (ExPASy Biochemical Pathways)

http://www.expasy.org/cgi-bin/search-biochem-index/

Cercate parole come "glycolysis" o " gluconeogenesis" e otterrete i collegamenti alle relative sezioni delle famose mappe "Biochemical Pathways" della Roche. Se sulla mappa cliccate sul nome di un enzima, verrete indirizzati alle corrispondenti informazioni della banca dati ENZYME sugli enzimi (http://enzyme.expasy.org/). Ottimo per visualizzare i dettagli delle singole vie metaboliche, anche se non è possibile ottenere un quadro globale.

 

Metabolismo del glicogeno

http://themedicalbiochemistrypage.org/glycogen.html

Il sito prende in esame la sintesi e la degradazione del glicogeno, la loro regolazione e le disfunzioni dovute all’accumulo di glicogeno. Illustrazioni chiare e accattivanti, oltre a collegamenti ad altre vie metaboliche, fanno di questo sito un’eccellente risorsa per gli studenti. Creato da Michael W. King della Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana.

 

Che cos’è l’analisi del controllo metabolico?

http://bip.cnrs-mrs.fr/bip10/mcafaq.htm

Questa lista di FAQ, redatte da un newsgroup sull’argomento, è compilata e aggiornata da Athel Cornish-Bowden. È indirizzata a chi si interessa per la prima volta all’argomento.

 

Analisi del controllo metabolico: applicazioni biologiche e approfondimenti

http://genomebiology.com/2000/1/6/reviews/1031

Questa mini-rassegna del 2000, pubblicata su Genome Biology da Mary C. Wildermuth, discute alcuni dei sistemi a cui è stato applicato questo approccio e i risultati ottenuti.