Introduzione alla biochimica di Lehninger 5E

Capitolo 16

Il ciclo dell’acido citrico (ciclo degli acidi tricarbossilici, TCA)

http://themedicalbiochemistrypage.org/tca-cycle.html

Un’esauriente descrizione del ciclo dell’acido citrico, con grande ricchezza di informazioni sull’attività e la regolazione della piruvato deidrogenasi (che catalizza la cosiddetta “fase 0”, cioè la conversione del piruvato ad acetil-CoA). Ciascuna tappa successiva è discussa in dettaglio, incentrando l’attenzione sull’enzima che la catalizza.

Questa pagina termina con una buona sezione sulla regolazione complessiva del ciclo dell’acido citrico. Illustrazioni chiare e accattivanti, oltre a collegamenti ipertestuali ad altre vie metaboliche, fanno di questo sito un’eccellente risorsa per gli studenti. Creato da Michael W. King della Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana.

 

Capitolo 17

Sintesi e modificazioni degli acidi grassi

http://library.med.utah.edu/NetBiochem/FattyAcids/outline.html

Questo sito presenta una panoramica delle reazioni del metabolismo degli acidi grassi. Ciascun collegamento apre una nuova finestra, che analizza in dettaglio l’argomento in oggetto con strutture 2D, tappe delle reazioni e testo descrittivo. Un buon modo per ripassare il metabolismo degli acidi grassi, con immagini chiare e decrizioni succinte. Parte di NetBiochem, creato da James Baggot (Università Allegheny di Scienze della Salute) e Sharon Dennis (Università dello Utah).

 

Vie biochimiche di ExPASy (ExPASy Biochemical Pathways)

http://www.expasy.org/cgi-bin/search-biochem-index/

Cercate "fatty acid" e otterrete i collegamenti alle relative sezioni delle famose mappe "Biochemical Pathways" della Roche. Se sulla mappa cliccate sul nome di un enzima, verrete indirizzati alle corrispondenti informazioni della banca dati ENZYME sugli enzimi (http://enzyme.expasy.org/). Ottimo per visualizzare i dettagli delle singole vie metaboliche, anche se non è possibile ottenere un quadro globale.

 

Ossidazione degli acidi grassi

http://themedicalbiochemistrypage.org/fatty-acid-oxidation.html

Tratta gli aspetti medici del metabolismo dei lipidi, oltre alle vie principali dell’ossidazione degli acidi grassi. Illustrazioni chiare e accattivanti, oltre a numerosi collegamenti ipertestuali ad altre vie metaboliche, fanno di questo sito un’eccellente risorsa per gli studenti. Creato da Michael W. King della Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana, che ha anche messo a disposizione le diapositive della sua lezione sull’argomento (da un link nella pagina principale del corso).

 

Tabelle di biochimica di NetBiochem: metabolismo dei lipidi

http://library.med.utah.edu/NetBiochem/tabletit.htm-lipids

Un’eccellente raccolta di tabelle per passare in rassegna i concetti-chiave del metabolismo degli acidi grassi. Include un confronto tra beta ossidazione e sintesi degli acidi grassi, le principali tappe di regolazione, il bilancio energetico, le varianti delle tappe del metabolismo degli acidi grassi a seconda del tipo di cellula e altro ancora. Parte di NetBiochem, è stato creato da James Baggot (Università Allegheny di Scienze della Salute) e Sharon Dennis (Università dello Utah).

 

La Molecola del mese della PDB (PDB Molecule of the Month)

Catalasi http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=57

 

Capitolo 18

Tabelle di biochimica di NetBiochem: metabolismo degli amminoacidi

http://library.med.utah.edu/NetBiochem/tabletit.htm – aminos

Un’utilissima raccolta di tabelle che riassumono i concetti-chiave del metabolismo degli amminoacidi. Particolarmente notevoli sono le tabelle sulla degradazione dei neurotrasmettitori, sugli effetti della fenilchetonuria e sulle modalità di conversione di un amminoacido nel suo analogo di tipo a-cheto. Un ottimo modo per ripassare il metabolismo degli amminoacidi. Parte di NetBiochem, è stato creato da James Baggot (Università Allegheny di Scienze della Salute) e Sharon Dennis (Università dello Utah).

 

Il metabolismo degli amminoacidi

http://themedicalbiochemistrypage.org/amino-acid-metabolism.html

Un’altra splendida pagina dal sito di Micheal King (Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana). Questo sito descrive in modo approfondito la biosintesi e la degradazione degli amminoacidi, esaminandoli uno alla volta. Comprende anche un’ampia e dettagliata sezione sugli effetti dei difetti genetici negli enzimi coinvolti nel metabolismo degli amminoacidi. Un sito vivamente raccomandato agli studenti di biochimica alle prese con lo studio delle vie metaboliche.

 

Vie biochimiche di ExPASy (ExPASy Biochemical Pathways)

http://www.expasy.org/cgi-bin/search-biochem-index/

Cercate qualsiasi amminoacido e otterrete i collegamenti alle relative sezioni delle famose mappe "Biochemical Pathways" della Roche. Se sulla mappa cliccate sul nome di un enzima, verrete indirizzati alle corrispondenti informazioni della banca dati ENZYME sugli enzimi (http://enzyme.expasy.org/). Ottimo per visualizzare i dettagli delle singole vie metaboliche, anche se non è possibile ottenere un quadro globale.

 

La mappa KEGG delle vie metaboliche

http://www.genome.ad.jp/kegg/pathway/map/map01100.html

Questo database giapponese ha il grande pregio di iniziare con un quadro globale del metabolismo e di permettere all’utilizzatore di cliccare su una singola sezione della mappa per ottenere via via informazioni a livello più dettagliato, fino a raggiungere la sequenza del/i gene/i per l’enzima di interesse in vari organismi. Cliccate su Amino Acid Metabolism http://www.genome.ad.jp/kegg/pathway/map/map01110.html ed esplorate le singole vie metaboliche. A partire dalla mappa, cliccate su Metabolism of Other Amino Acid http://www.genome.ad.jp/kegg/pathway/map/map01160.html per visualizzare le vie metaboliche di alcuni D-amminoacidi o di amminoacidi meno comuni. Utilizzate il menu a tendina per selezionare una specie su cui avere informazioni più dettagliate. Gli enzimi sono specificati utilizzando il numero identificativo EC (Enzyme Commission). Cliccate sul numero di un enzima o sul nome di un composto per maggiori informazioni. La portata delle informazioni qui disponibili è estremamente vasta. KEGG è stato creato e viene manutenuto dall’Institute for Chemical Research dell’Università di Kyoto.

 

Il ciclo dell’urea

http://themedicalbiochemistrypage.org/nitrogen-metabolism.html

Qualunque cosa vi occorra sapere sul ciclo dell’urea si trova su questo sito estremamente dettagliato. Comprende una panoramica del metabolismo dell’azoto e del ciclo dell’urea, le differenze tra amminoacidi essenziali e non essenziali, e informazioni su come l’azoto viene rimosso da un amminoacido. Particolarmente interessante la sezione sulla tossicità dell’ammoniaca. Creato da Michael W. King della Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana.

 

Capitolo 19

La fosforilazione ossidativa

http://themedicalbiochemistrypage.org/oxidative-phosphorylation.html

Una trattazione dettagliata della fosforilazione ossidativa, con un’introduzione sulla chimica delle reazioni redox e sui meccanismi di regolazione/inibizione dalla fosforilazione ossidativa, oltre a un riassunto delle altre vie ossidative di importanza biologica. Le illustrazioni sono poco numerose ma chiare e utili, e i collegamenti ipertestuali rimandano a pagine che analizzano in dettaglio le altre vie metaboliche. Il sito è stato creato da Michael W. King della Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana.

 

La home page della citocromo ossidasi (Cytochrome Oxidase Home Page)

http://www-bioc.rice.edu/~graham/CcO.html

Tutto quello che avreste sempre voluto sapere su questo enzima. Il sito contiene collegamenti a belle immagini, alle malattie dei mitocondri, a informazioni generali, a dati dettagliati sulle sequenze e altro ancora.

 

La Molecola del mese della PDB (PDB Molecule of the Month):

Il citocromo c

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=36

La citocromo c ossidasi

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=5

L’ATP sintasi

 http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=72

Le caspasi

 http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=56

La batteriorodopsina

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=27

David Goodsell dello Scripps Research Institute ha sviluppato una meravigliosa sezione associata alla Protein Data Bank: gli articoli dedicati alla molecola del mese (Molecule of the Month). Scritti a un livello accessibile a un non-laureato, questi articoli presentano un ottimo schema di relazioni struttura-funzione su alcune proteine ben conosciute.

 

Fotosintesi

Esercitazioni di laboratorio: il flusso degli elettroni nella fotosintesi

http://www.ableweb.org/volumes/vol-10/4-harris/4-harris.htm

Questo sito web presenta un’eccellente raccolta di esperimenti di laboratorio sulla fisiologia vegetale. Mentre molti dei protocolli possono essere realizzati solo in un laboratorio vero e proprio, e quindi saranno utili principalmente ai docenti, alcuni possono essere realizzati con materiali semplici. Ciascuna esercitazione comprende indicazioni sulla preparazione teorico-pratica pre-laboratorio, un breve riassunto dei concetti e dettagliate istruzioni sul procedimento operativo.

Un’eccellente risorsa per insegnanti o studenti dei corsi avanzati che hanno accesso ad attrezzature di laboratori didattici standard. Scritto da R. Patrick Harrison per l’associazione ABLE (Association for Biology Laboratory Education).

 

Esercitazioni di laboratorio: i pigmenti fotosintetici

http://www.ableweb.org/volumes/vol-10/4-harris/4-harris.htm

Un’altra eccellente pagina con esperimenti di fisiologia vegetale, comprendente indicazioni sulla preparazione teorico-pratica pre-laboratorio, un breve riassunto dei concetti e dettagliate istruzioni sul procedimento operativo. Queste esercitazioni sono incentrate sull’estrazione dei pigmenti dai tessuti vegetali e sull’impiego della cromatografia per separare e analizzare i singoli pigmenti. Un’eccellente risorsa per insegnanti o studenti dei corsi avanzati che hanno accesso ad attrezzature di laboratori didattici standard. Scritto da R. Patrick Harrison per l’associazione ABLE (Association for Biology Laboratory Education).

 

I pigmenti fotosintetici

http://www.ucmp.berkeley.edu/glossary/gloss3/pigments.html

Il sito offre una descrizione dei principali tipi di pigmenti presenti negli organismi fotosintetici. Il sito tratta le diverse clorofille, le ficobiline e i carotenoidi, presenti sia nelle piante sia nei batteri fotosintetici. Il testo è scritto per studenti dei primi corsi; fornisce una buona introduzione sui pigmenti senza scendere troppo nei dettagli. Dal Museo di Paleontologia dell’Università di California, Berkeley.

 

Problemi sulla fotosintesi I (Photosynthesis Problem Set I)

http://www.biology.arizona.edu/biochemistry/problem_sets/photosynthesis_1/photosynthesis_1.html

Problemi sulla fotosintesi II (Photosynthesis Problem Set II)

http://www.biology.arizona.edu/biochemistry/problem_sets/photosynthesis_2/photosynthesis_2.html

Due ottimi siti che offrono quiz sui principali argomenti della fotosintesi. Le domande sono a scelta multipla e ciascuna è corredata da una spiegazione dettagliata sull’argomento, che può essere visualizzata prima o dopo aver risposto alla domanda. Una risposta corretta è accompagnata da un breve commento, mentre una errata porta direttamente alla visualizzazione delle spiegazioni. È un ottimo sistema di test online per ripassare i concetti importanti; questi siti sono altamente raccomandati per tutti gli studenti di biochimica. Fanno parte di The Biology Project dell’Università dell’Arizona.

 

La molecola del mese della PDB (PDB Molecule of the Month):

Il fostosistema I

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=22

Il fotosistema II

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=59

David Goodsell dello Scripps Research Institute ha sviluppato una meravigliosa sezione associata alla Protein Data Bank: gli articoli dedicati alla molecola del mese (Molecule of the Month). Scritti a un livello accessibile a un non-laureato, questi articoli presentano un ottimo schema di relazioni struttura-funzione su alcune proteine ben conosciute.

 

Capitolo 20

La mappa KEGG delle vie metaboliche: la fissazione del carbonio

http://www.genome.ad.jp/kegg/pathway/map/map00710.html

Una mappa metabolica dettagliata che mostra la via fotosintetica per la fissazione del carbonio inorganico (CO₂) in composti organici (zuccheri). Cliccate sul numero di un enzima o sul nome di un qualsiasi intermedio metabolico per maggiori informazioni. Notate la presenza di composti cruciali, come il piruvato, l’ossalacetato e il malato, nonché la somiglianza con il ciclo dell’acido citrico. Tratto da KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes), è stato creato ed è manutenuto dall’Institute for Chemical Research dell’Università di Kyoto.

 

La mappa KEGG delle vie metaboliche: il ciclo della riduzione fotosintetica del carbonio (ciclo di Calvin)

http://www.genome.ad.jp/kegg/pathway/map/map00720.html

Un’altra via fotosintetica per la fissazione del carbonio inorganico (CO₂) in composti organici (zuccheri). Cliccate sul numero di un enzima o sul nome di un qualsiasi intermedio metabolico per maggiori informazioni. Notate la presenza di composti cruciali, come il piruvato, l’ossalacetato e il malato, nonché la somiglianza con il ciclo dell’acido citrico. Tratto da KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes), è stato creato ed è manutenuto dall’Institute for Chemical Research dell’Università di Kyoto.

 

La molecola del mese della PDB (PDB Molecule of the Month)

La Rubisco

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=11

Date un’altra occhiata alla struttura e alla funzione di questa macchina per la fissazione del carbonio. A cura di David Goodsell dello Scripps Research Institute.