Introduzione alla biochimica di Lehninger 5E

Capitolo 21

Il metabolismo dei fosfolipidi

http://themedicalbiochemistrypage.org/lipid-synthesis.html

Questo sito presenta un’approfondita e ben scritta descrizione dei fosfolipidi, che analizza strutture, sintesi e significato biologico di ciascuna delle loro classi principali. Tratta anche gli sfingolipidi e glicosfingolipidi e riporta un’eccellente tabella che riassume le disfunzioni associate a errori nel metabolismo degli sfingolipidi.

L’ultima sezione è una dettagliata panoramica degli eicosanoidi (steroidi), della loro struttura e sintesi, e del loro significato clinico, legato in particolare al ruolo di queste molecole nella trasduzione del segnale. La sezione termina con una splendida tabella che riassume le proprietà più importanti dei principali eicosanoidi. Il sito è stato creato da Michael W. King della Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana.

 

Il metabolismo del colesterolo e della bile

http://themedicalbiochemistrypage.org/cholesterol.html

Il colesterolo svolge un ruolo cruciale nel metabolismo, sia come precursore degli ormoni steroidei sia come importante fattore nel determinare la fluidità e la struttura della membrana plasmatica. Questo sito fornisce una dettagliata descrizione della sintesi e del catabolismo del colesterolo. Comprende anche una sezione sulla regolazione del metabolismo del colesterolo, oltre a un’introduzione su sintesi, struttura e significato degli acidi biliari. Il sito è caldamente raccomandato a tutti gli studenti di biochimica. È stato creato da Michael W. King della Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana.

 

Sintesi e modificazioni degli acidi grassi

http://library.med.utah.edu/NetBiochem/FattyAcids/outline.html

Questo sito presenta una panoramica delle reazioni del metabolismo degli acidi grassi. Ciascun collegamento apre una nuova finestra, che analizza in dettaglio l’argomento in oggetto con strutture 2D, tappe delle reazioni e testo descrittivo.

Un buon modo per ripassare il metabolismo degli acidi grassi, con immagini chiare e decrizioni succinte. Parte di NetBiochem, è stato creato da James Baggot (Università Allegheny di Scienze della Salute) e Sharon Dennis (Università dello Utah).

 

La molecola del mese della PDB (PDB Molecule of the Month)

La sintasi degli acidi grassi

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=90

 

La cicloossigenasi (COX)

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=17

 

Capitolo 22

Il complesso della nitrogenasi

La molecola del mese della PDB (PDB Molecule of the Month)

La nitrogeneasi

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=26

David Goodsell dello Scripps Research Institute ha sviluppato una meravigliosa sezione associata alla Protein Data Bank: gli articoli dedicati alla molecola del mese (Molecule of the Month). Scritti a un livello accessibile a un non-laureato, questi articoli presentano un ottimo schema di relazioni struttura-funzione su alcune proteine ben conosciute. Visitate questo sito per esplorare questo sorpredente enzima responsabile della fissazione dell’azoto.

 

Biosintesi degli amminoacidi

Metabolismo degli amminoacidi

http://themedicalbiochemistrypage.org/amino-acid-metabolism.html

La prima sezione di questo sito ricco di informazioni tratta in modo approfondito la biosintesi degli amminoacidi non essenziali, mentre la seconda sezione è dedicata alla scissione e al riciclaggio degli amminoacidi. Include anche un link a un vasto sito sulle conseguenze dei difetti genetici negli enzimi implicati nel metabolismo degli amminoacidi. Il sito è caldamente consigliato agli studenti di biochimica interessati alla medicina. Creato da Michael W. King della Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana.

 

Prodotti specializzati del metabolismo amminoacidico

http://themedicalbiochemistrypage.org/aminoacidderivatives.html

Oltre al loro ruolo primario di componenti delle proteine, agli amminoacidi sono anche i precursori di un certo numero di altre importanti molecole. Il sito analizza in dettaglio la sintesi di alcune di queste molecole, tra cui vari neurotrasmettitori, la creatina, le poliammine, il glutatione e l’ossido di azoto (NO). È un ottimo sito per apprezzare la complessità e l’interconnessione delle vie metaboliche. Creato da Michael W. King della Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana.

 

Metabolismo di eme e porfirine

http://themedicalbiochemistrypage.org/heme-porphyrin.html

Un esauriente sito web che tratta la complessità della biosintesi dell’eme in modo molto dettagliato e fornisce informazioni sulle numerose malattie causate da difetti del metabolismo dell’eme e dei derivati porfirinici. Le informazioni generali che si trovano su questo sito possono essere utili a studenti di tutti i livelli, ma il materiale è principalmente indirizzato a studenti dei corsi superiori di biochimica, specialmente a quelli interessati alla medicina. Scritto da Michael W. King della Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana.

 

Metabolismo di eme e ferro

http://library.med.utah.edu/NetBiochem/hi.htm

Un’introduzione al ruolo di eme e ferro nel metabolismo, con numerosi collegamenti ipertestuali. Il sito copre un’ampia gamma di argomenti, tra cui la regolazione della sintesi del gruppo eme, la captazione del ferro, il suo trasporto e immagazzinamento, le malattie derivanti da difetti nel metabolismo dell’eme, ecc.

Sul sito trovate anche una serie di domande per mettere alla prova le vostre conoscenze e potrà esservi utile la visione di una breve animazione sulla struttura delle uroporfirine, alla pagina http://library.med.utah.edu/NetBiochem/movies/porphyri.mov.

http://library.med.utah.edu/NetBiochem/movies/porphyri.mov

Parte di NetBiochem, è stato creato da James Baggot (Università Allegheny di Scienze della Salute) e Sharon Dennis (Università dello Utah).

 

Biosintesi dei nucleotidi

Panoramica del metabolismo di purine e pirimidine

http://library.med.utah.edu/NetBiochem/pupyr/pp.htm

Il sito presenta una rassegna sul metabolismo dei nucleotidi di importanza fisiologica. Inizia con una sezione, molto ben scritta, sulla nomenclatura e tratta poi le vie biosintetiche de novo e di salvataggio. Il testo è un po’ povero, ma è scritto dal punto di vista sia fisiologico sia biologico allo scopo di fornire una visione globale del ruolo del metabolismo nucleotidico. I testi sono stati scritti da Carol Angstadt (Università Allegheny di Scienze della Salute) per NetBiochem, il sito creato da James Baggot (Università Allegheny di Scienze della Salute) e Sharon Dennis (Università dello Utah).

 

Tabelle di biochimica di NetBiochem: metabolismo di purine e pirimidine

http://library.med.utah.edu/NetBiochem/tabletit.htm#pupy

Il sito propone un’utilissima raccolta di tabelle che riassumono i concetti principali del metabolismo dei nucleotidi. Comprende una tabella con la nomenclatura di base, una che mostra l’amminoacido che fornisce ciacun atomo dell’anello nucleotidico e ottimi confronti tra le vie biosintetiche di purine e di pirimidine (sia de novo sia di salvataggio). Vivamente raccomandato per la revisione di alcuni argomenti generali del metabolismo dei nucleotidi. È parte di NetBiochem, il sito creato da James Baggot (Università Allegheny di Scienze della Salute) e Sharon Dennis (Università dello Utah).

 

Il metabolismo dei nucleotidi

http://themedicalbiochemistrypage.org/nucleotide-metabolism.html

Un sito completo ed esauriente che tratta tutti gli aspetti del metabolismo dei nucleotidi, scritto per studenti di biochimica interessati alla medicina. La combinazione di testo e grafica passa in rassegna praticamente tutto ciò che riguarda i nucleotidi, in modo molto dettagliato, compresi sintesi e degradazione, regolazione, interconversione e significato clinico. Il sito comprende anche una sezione informativa dedicata al tetraidrofolato, un importante intermedio di questa e altre vie metaboliche. Il sito è vivamente consigliato a studenti dei corsi superiori di biochimica che vogliono sapere tutto sul metabolismo dei nucleotidi. È stato creato da Michael W. King della Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana.

La molecola del mese della PDB (PDB Molecule of the Month)

David Goodsell, dello Scripps Research Institute, ha sviluppato una meravigliosa sezione associata alla Protein Data Bank: gli articoli dedicati alla molecola del mese (Molecule of the Month). Scritti a un livello accessibile a un non-laureato, questi articoli presentano un ottimo schema di relazioni struttura-funzione su alcune proteine ben conosciute.

La diidrofolato riduttasi

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=34

La glutammina sintetasi

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=30

Questo enzima-chiave della regolazione determina quali amminoacidi e quali nucleotidi vengono sintetizzati in risposta alle condizioni sempre mutevoli della cellula. Esplorate in questa pagina la struttura e la funzione di questa enorme proteina.

 

Capitolo 23

Metabolismo: organizzazione e divisione dei compiti

Problemi sul metabolismo

http://www.biology.arizona.edu/biochemistry/problem_sets/metabolism/metabolism.html

Il sito presenta una serie di quiz online (a scelta multipla) sui concetti generali del metabolismo. Se la risposta fornita è errata, si apre una dettagliata spiegazione sull’argomento che chiarisce l’oggetto del questito e dà la risposta corretta. Fa parte di The Biology Project dell’Università dell’Arizona.

 

Integrazione del metabolismo

La mappa KEGG delle vie metaboliche: il metabolismo del piruvato

http://www.genome.ad.jp/kegg/pathway/map/map00620.html

Il piruvato rappresenta una delle molecole centrali del metabolismo. Come si può vedere nella complessa mappa metabolica presentata da questo sito, il piruvato fa da collegamento tra molte importanti vie, come la glicolisi, la sintesi degli amminoacidi, la sintesi di lipidi e di acidi grassi, ecc. L’esistenza di questa molecola essenziale contribuisce a enfatizzare l’idea che il metabolismo non è soltanto un insieme di vie sintetiche e cataboliche, ma anche una rete cellulare integrata di continua conversione dell’energia. Tratto da KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes), è stato creato ed è manutenuto dall’Institute for Chemical Research dell’Università di Kyoto.

 

Le disfunzioni congenite del metabolismo

http://themedicalbiochemistrypage.org/inborn.html

Le disfunzioni del metabolismo possono avere conseguenze disastrose. Questo esauriente sito web spiega in dettaglio molte delle disfunzioni metaboliche derivanti da difetti genetici, tra cui i difetti in varie vie metaboliche, nei processi di trasporto e nella riparazione del DNA. Una trattazione approfondita dei difetti congeniti, indirizzata agli studenti con interessi per la medicina, curata da Michael W. King della Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana.

 

Il diabete

http://themedicalbiochemistrypage.org/diabetes.html

Questo sito definisce e descrive le numerose forme di diadete, una delle malattie metaboliche più note. Comprende una dettagliata spiegazione degli aspetti clinici della malattia e delle sue caratteristiche biochimiche e fisiologiche. Scritto per studenti dei corsi di biochimica interessati alla medicina, è stato creato da Michael W. King della Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana.

 

Capitolo 24

Il DNA è impacchettato nei cromosomi

http://www.dnaftb.org/dnaftb/29/concept/index.html

Questo sito costituisce la lezione 29 di un meraviglioso sito sul DNA, DNA from the Beginning, sviluppato dal Dolan DNA Learning Center del Cold Spring Harbor Laboratory. Il sito comprende 41 lezioni organizzate in tre gruppi principali, dedicati rispettivamente alla genetica classica (Classical Genetics), alle molecole della genetica (Molecules of Genetics), e all’organizzazione e al controllo genico (Genetic Organization and Control). Oltre all’ottima presentazione e all’eccellente livello delle informazioni, il sito è unico nel presentare il volto umano delle scoperte scientifiche.

Ciascuna lezione prevede una descrizione del concetto principale, alcune animazioni che presentano lo sviluppo del concetto dal punto di vista (e con le sembianze) degli scienziati che hanno eseguito gli esperimenti-chiave, un’intervista a un ricercatore del settore, un problema per testare la comprensione dell’argomento e infine una pagina di collegamenti utili.

 

La molecola del mese della PDB (PDB Molecule of the Month)

Il nucleosoma

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=7

Le topoisomerasi

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=73

 

Capitolo 25

Un singolo filamento di DNA è lo stampo per copiare l’intera molecola – L’esperimento di Mesleson-Stahl

http://www.dnaftb.org/dnaftb/20/concept/index.html

Questo sito costituisce la lezione 20 di un meraviglioso sito sul DNA, DNA from the Beginning, sviluppato dal Dolan DNA Learning Center del Cold Spring Harbor Laboratory. Il sito comprende 41 lezioni organizzate in tre gruppi principali, dedicati rispettivamente alla genetica classica (Classical Genetics), alle molecole della genetica (Molecules of Genetics), e all’organizzazione e al controllo genico (Genetic Organization and Control). Oltre all’ottima presentazione e all’eccellente livello delle informazioni, il sito è unico nel presentare il volto umano delle scoperte scientifiche.

Ciascuna lezione prevede una descrizione del concetto principale, alcune animazioni che presentano lo sviluppo del concetto dal punto di vista (e con le sembianze) degli scienziati che hanno eseguito gli esperimenti-chiave, un’intervista a un ricercatore del settore, un problema per testare la comprensione dell’argomento e infine una pagina di collegamenti utili.

 

Gli acidi nucleici

http://library.med.utah.edu/NetBiochem/nucacids.htm

Un testo molto ben scritto su tutti gli aspetti legati agli acidi nucleici, dalla sintesi all’organizzazione nel nucleo, molto approfondito. Comprende anche molte informazioni sull’RNA. Questa rassegna concisa e organizzata per punti rappresenta un valido aiuto per gli studenti per ripassare molti importanti concetti di biologia molecolare. È parte di NetBiochem, il sito curato da James Baggott e Sharon Dennis e ospitato dall’Università dello Utah.

 

Problemi sugli acidi nucleici

http://www.biology.arizona.edu/molecular_bio/problem_sets/nucleic_acids/nucleic_acids_1.html

Il sito presenta una serie di quiz online (a scelta multipla) su acidi nucleici, DNA e storia della scoperta del DNA come materiale genetico. Se la risposta fornita è errata, si apre una dettagliata spiegazione sull’argomento. Indirizzato a studenti dei corsi di base e avanzati, il sito fa parte di The Biology Project dell’Università dell’Arizona.

 

La replicazione del DNA

http://users.rcn.com/jkimball.ma.ultranet/BiologyPages/D/DNAReplication.html

Un sito ben illustrato e ricco di collegamenti che fa parte delle Kimball’s Biology Pages. Include un collegamento a un’animazione del processo di replicazione.

 

La subunità beta della DNA Polimerasi III di E. coli: la pinza scorrevole

http://www.callutheran.edu/BioDev/omm/jmolxx/poliiib/poliiib.html

Questa presentazione, che utilizza Jmol, descrive la struttura e il meccanismo d’azione della sorpredente pinza scorrevole della subunità beta della DNA polimerasi III, la protagonista principale nella replicazione del DNA. A cura di David Marcey.

Parte dell’Online Macromolecular Museum della California Lutheran University (http://www.callutheran.edu/BioDev/omm/exhibits.htm).

 

La molecola del mese della PDB (PDB Molecule of the Month)

La trasposasi

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=84

La DNA polimerasi

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=3

La DNA ligasi

http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=55

 

Alcuni tipi di mutazioni vengono automaticamente riparati

http://www.dnaftb.org/dnaftb/28/concept/index.html

Questo sito costituisce la lezione 28 del meraviglioso sito sul DNA, DNA from the Beginning, sviluppato dal Dolan DNA Learning Center del Cold Spring Harbor Laboratory. Il sito comprende 41 lezioni organizzate in tre gruppi principali, dedicati rispettivamente alla genetica classica (Classical Genetics), alle molecole della genetica (Molecules of Genetics), e all’organizzazione e al controllo genico (Genetic Organization and Control). Oltre all’ottima presentazione e all’eccellente livello delle informazioni, il sito è unico nel presentare il volto umano delle scoperte scientifiche.

Ciascuna lezione prevede una descrizione del concetto principale, alcune animazioni che presentano lo sviluppo del concetto dal punto di vista (e con le sembianze) degli scienziati che hanno eseguito gli esperimenti-chiave, un’intervista a un ricercatore del settore, un problema per testare la comprensione dell’argomento e infine una pagina di collegamenti utili.

 

Alcuni DNA possono saltare

http://www.dnaftb.org/dnaftb/32/concept/index.html

La lezione 32 del sito DNA from the Beginning (illustrato qui sopra), dedicata alla scoperta di Barbara McClintock sui geni “che saltano” (trasposoni) nel mais.

 

Il Museo online delle macromolecole (OMM): la sala del DNA/RNA

http://www.clunet.edu/BioDev/omm/gallery.htm

Dalla pagina iniziale di OMM, cliccate sul link “exhibits” e poi scendete fino alla sala del DNA/RNA (Hall of DNA/RNA). Questa mostra include alcune lezioni che impiegano l’applet Jmol, tra cui una chiara introduzione alla struttura del DNA e una dedicata ai suoi conformeri A, Z e B, e 10 lezioni Chime sugli enzimi coinvolti in questi aspetti del metabolismo del DNA: HhaI DNA metilasi, Hin recombinasi, HIV-1 integrasi, RecA (E. coli), proteina di ricombinazione RuvA, Cre recombinasi, topoisomerasi I (E. coli), enzimi che riparano gli errori di appaiamento: MutS e MutH, e l’endonucleasi di restrizione BamHI.