Introduzione alla biochimica di Lehninger 5E

Capitolo 6

Enzimologia generale

Enzimi

http://themedicalbiochemistrypage.org/enzyme-kinetics.html

Un’ottima introduzione ai concetti standard sulla funzione enzimatica, come classificazione, velocità di reazione, cinetiche, coenzimi e altro. Per lo più costituito da testo, ma ben scritto ed esauriente. Il sito è curato da M.W. King della Facoltà di Medicina dell’Università dell’Indiana.

ENZYME – Database della nomenclatura enzimatica (ExPASy)

http://www.expasy.org/enzyme/

Il più completo database della nomenclatura e delle descrizioni degli enzimi. Presenta anche il collegamento a una mappa interattiva di tutte le vie metaboliche cellulari conosciute, enzimi compresi (BioCarta – Pathways of Life). La pagina è parte del popolare ExPASy Molecular Biology Server, gestito dallo Swiss Institute of Bioinformatics (vedi Sitografia – Capitolo 3).

Database delle strutture degli enzimi (Enzyme Structures Database)

http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/enzymes/

Il più completo database di enzimi per i quali sono note le strutture tridimensionali. Organizzato per classe (vedi sopra il link al database ENZYME di ExPASy), una modalità molto approfondita e di aiuto per la consultazione. Per ciascun enzima vengono forniti la sequenza, la mappa della struttura secondaria, il codice identificativo della Protein Data Bank per accedere al file della struttura 3D, varie immagini statiche, disegni della topologia e l’allineamento di sequenze con proteine correlate. Davvero un sorprendente ricettacolo di informazioni.

Il sito è ospitato dall’EBI (European Bioinformatics Institute) e sostenuto economicamente dalla Wellcome Trust.

 

Cinetica enzimatica

Siti a cura dell’associazione ABLE (Association for Biology Laboratory Education)

Studio della cinetica della perossidasi (Enzyme Investigations for Introductory Courses)

http://www.ableweb.org/volumes/vol-13/6-pitkin.pdf

Una guida completa per lo studio della cinetica enzimatica in laboratorio con la perossidasi di rapa. Propone sette dettagliati esperimenti di laboratorio per misurare la variazione della velocità di reazione della perossidasi al variare delle condizioni. La parte introduttiva è breve ma chiara e comprende anche una guida all’uso dello spettrofotometro in enzimologia.

Benché il sito sia piuttosto datato, è comunque un ottimo strumento da utilizzare in laboratorio. A cura di Ruthanne Pitkin, Università di Shippensburg, e presentato dalla Association for Biology Laboratory Education (ABLE).

Uno studio enzimatico quantitativo (A Quantitative Enzyme Study Using Simple Equipment)

http://www.ableweb.org/volumes/vol-12/6-nichol/6-nichol.htm

Questo sito è una guida di laboratorio all’enzimologia, simile alla precedente guida sulla perossidasi. Presenta tecniche di estrazione e di dosaggio dell’enzima catalasi in un singolo periodo di tre ore. Molto approfondito, con utili suggerimenti e collegamenti. A cura di Beth Nichols e Linda Cholewiak, dell’Università di Princeton; anche questo è presentato dall’associazione ABLE.

Simbologia e terminologia della cinetica enzimatica

http://www.chem.qmw.ac.uk/iubmb/kinetics/index.html

Vi siete mai stupiti per il modo in cui gli enzimi vengono denominati e classificati? Questo sito presenta le raccomandazioni ufficiali definite dalla International Union of Biochemistry. Il sito è la più completa guida per i laboratori di ricerca di enzimologia in tutto il mondo. La versione web viene aggiornata da G. P Moss.

Esercitazioni sugli enzimi

http://biog-1101-1104.bio.cornell.edu/BioG101_104/tutorials/enzymes.html

Un bellissimo sito tramite cui mettere alla prova le vostre conoscenze di enzimologia rispondendo a quiz interattivi. Fornisce un feedback immediato alle vostre risposte. Un ottimo sistema per ripassare la cinetica enzimatica, anche se piuttosto limitato. A cura di Jon Glase e dello staff del corso BioG1101-1104 della Cornell University.

 

Catalisi enzimatica e regolazione

Problemi su energia, enzimi e catalisi

http://www.biology.arizona.edu/biochemistry/problem_sets/energy_enzymes_catalysis/energy_enzymes_catalysis.html

Una raccolta di 16 test a risposta multipla riguardanti energia, enzimi e catalisi. A ogni domanda è associata anche un’ampia pagina di spiegazioni. Un sito molto utile per gli studenti che debbano ripassare i concetti-base di enzimologia. Anche questa pagina fa parte del sito The Biology Project dell’Università dell’Arizona.

Carenza di G6PD (The G6PD Deficiency Homepage)

http://rialto.com/g6pd/

Che cosa succede quando un enzima non funziona come dovrebbe? Una carenza dell’enzima glucosio-6-fosfato deidrogenasi (G6PD) è ampiamente diffusa nel mondo. Questo enzima di solito catalizza la rigenerazione di NADPH, una molecola energetica di importanza cruciale, come l’ATP. Navigando in questo sito scoprirete le conseguenze di questa carenza, le cause della patologia e cosa si sta facendo per combatterla. Sito curato da Ramez Ethnasios.

I ligandi delle reazioni enzimatiche (Ligand Chemical Database for Enzyme Reactions, LIGAND)

http://www.genome.ad.jp/dbget/ligand.html

Un immenso database in cui effettuare ricerche: contiene tutte le reazioni enzimatiche note, comprese informazioni dettagliate sugli enzimi stessi, sui reagenti e sui prodotti, oltre che su altre importanti reazioni non catalizzate. Questo sito presenta anche mappe di percorsi biochimici, le corrispondenti sequenze geniche, le malattie genetiche note legate a vie metaboliche o a enzimi specifici, e molto altro. Ospitato dall’Università di Kyoto e parte della rete GenomeNet.

 

Reazioni ed enzimi

Biochimica interattiva

http://cti.itc.virginia.edu/~cmg/

Seguite il link "Enzyme Mechanisms" dalla pagina “Table of Contents” di questo sito, e troverete la pagina didattica “Aspartate Protease Mechanism Tutorial”, sul meccanismo dell’aspartilproteasi. Questa lezione interattiva, che impiega Java, vi mostrerà con esattezza i passaggi chimici della scissione proteolitica di un legame peptidico. Ottimo sito per studenti che abbiano già alcune conoscenze di base sulle scissioni di legami mediate da enzimi. Creato da Edward O'Neil e Charles Grisham, Università della Virginia.

 

Capitolo 7

La libreria MathMol di strutture molecolari 3D – Molecole di zuccheri

http://www.nyu.edu/pages/mathmol/library/sugars/index.html

Questa pagina mostra alcune comuni molecole di carboidrati che possono essere visualizzate con diversi plug-in. Dalla Home Page del sito è possibile esplorare altre classi di molecole in questa libreria (lipidi, amminoacidi, ecc.).

Nomenclatura dei glicolipidi

http://www.chem.qmw.ac.uk/iupac/misc/glylp.html

Questo sito presenta la nomenclatura IUPAC ufficiale per i glicolipidi, oltre ad alcune informazioni di carattere generale. È un sito istruttivo, anche se piuttosto povero.

Infiammazione: la cascata dell’adesione dei leucociti

http://bme.virginia.edu/ley/

Un sito ben illustrato e con ricchi riferimenti bibliografici, che illustra il processo dell’infiammazione e descrive i ruoli svolti da selectine, integrine e altre molecole.

Sviluppato nel dipartimento di Ingegneria Biomedica dell’Università della Virginia.

Il laboratorio di Pamela Stanley

http://stanxterm.aecom.yu.edu/

Questo laboratorio cura e mantiene una lista esauriente di risorse di glicobiologia sul web (http://stanxterm.aecom.yu.edu/database.htm), comprendente banche dati, link a siti commerciali, informazioni di base, riviste scientifiche, ecc.

 

Capitolo 8

Una chiacchierata con il Dr. Francis Crick

http://www.accessexcellence.org/AE/AEC/CC/crick.html

Un saggio in forma di narrazione scritto dal Dr. Crick, co-scopritore della struttura del DNA e vincitore del Premio Nobel per la Medicina nel 1962. Questa "conversazione" è presentata a un livello comprensibile al grande pubblico. Il testo è incentrato sui ragionamenti che hanno portato alla scoperta e sullo stato della ricerca scientifica all’epoca, visti da uno dei più eminenti scienziati della sua generazione. Uno sguardo accattivante al quadro complessivo, riprodotto per gentile concessione del programma Access Excellence della Genentech e della Carolina Biological Supply Company. Il sito contiene anche alcuni interessanti collegamenti in fondo alla pagina.

 

Struttura del DNA e degli RNA

http://www.rothamsted.ac.uk/notebook/dnast.htm

http://www.rothamsted.ac.uk/notebook/rnast.htm

Due siti che presentano una rappresentazione (in stile cartone animato) della composizione dei nucleotidi e della loro disposizione nel formare gli acidi nucleici, oltre ad alcune utili definizioni e interessanti notizie di biologia generale. Dal sito Molecular Biology Notebook Online, creato da Nathalie Castells-Brooke, del centro di ricerca Rothamsted Research.

 

NDB: The Nucleic Acid Database (Database degli Acidi Nucleici)

http://ndbserver.rutgers.edu/

Il progetto NDB è ospitato dalla Rutgers, l’Università di Stato del New Jersey. Fornisce un accesso molto semplice e rapido a un’ampia gamma di file di strutture molecolari correlate agli acidi nucleici.

Selezionate il link all’atlante delle strutture (Atlas) per esaminare tutte le categorie, dalle doppie eliche del DNA ai complessi proteina-DNA, fino alle strutture degli RNA. Sono disponibili varie opzioni di ricerca, tra cui “NBD Search”, che ricerca specifiche strutture determinate mediante cristallografia a raggi X o NMR. Collegamenti a vari archivi forniscono informazioni più dettagliate. Potete visualizzare le strutture in 2D sul vostro browser, oppure scaricare i file e visualizzarli con RasMol. Questo sito è un’eccellente fonte di strutture di acidi nucleici.

 

Capitolo 9

REBASE (The Restriction Enzyme Database, Il database degli enzimi di restrizione)

http://rebase.neb.com/rebase/rebase.htmlh

Gli enzimi di restrizione costituiscono uno dei più potenti e ubiquitari strumenti a disposizione del moderno biochimico. Questi enzimi riconoscono e tagliano sequenze estremamente specifiche del DNA, e sono utilizzati in molti modi nei laboratori; inoltre, sono tutti enzimi che si trovano in natura e vengono impiegati dai microrganismi nei loro meccanismi di difesa. REBASE è un database estremamente completo degli enzimi di restrizione, comprendente anche i loro siti di riconoscimento nel genoma, i potenziali fornitori commerciali, le pubblicazioni più importanti, gli organismi fonte di enzimi, e persino le corrispondenti metilasi (il DNA batterico è protetto dalla digestione a opera delle proprie endonucleasi dalla metilazione, catalizzata da una specifica DNA metilasi). Il sito è la principale fonte online di questo tipo di informazioni.

 

Il coefficiente di estinzione (assorbimento) del DNA

http://www.owczarzy.net/extinct.htm

Calcolate il coefficiente di estinzione del DNA online! Gli acidi nucleici presentano un caratteristico picco di assorbimento a 260 nm. I ricercatori impiegano questa proprietà nella routine, per misurare la concentrazione o la purezza del DNA nei loro campioni. Il coefficiente di estinzione, tuttavia, varia con la composizione del filamento di DNA. Questo utile strumento di calcolo online considera qualsiasi sequenza di DNA e vi restituisce il suo coefficiente di estinzione. Creato da Richard Owczarzy, della Integrated DNA Technologies, è ospitato nel sito che segue.

 

Integrated DNA Technologies

http://biophysics.idtdna.com/

Se lavorate con il DNA e l’RNA nel vostro laboratorio, questi strumenti online possono essere di utilità inestimabile per progettare microarray, primer per il clonaggio e sequenze di RNA duplex per esperimenti di RNAi. Con gli strumenti offerti da questo sito, potrete prevedere la struttura secondaria dai dati di sequenza primaria ed eseguire un gran numero di altre attività.

 

Matrici di punti degli acidi nucleici (Nucleic Acid Dot Plots)

http://arbl.cvmbs.colostate.edu/molkit/dnadot/index.html
Un modo per analizzare sequenze di acidi nucleici è la matrice di punti, che rivela se due regioni di DNA hanno una sufficiente complementarietà di sequenza per appaiarsi tra loro.

Questo sito offre uno strumento (basato su Java) per analizzare due sequenze di DNA introdotte dall’utente e ricercare così somiglianze tramite una matrice tracciata online. Leggete le sezioni “Background information” e “Molecular Toolkit Help” per maggiori informazioni sull’impiego di questo strumento di analisi. Vi suggeriamo di visitare anche il sito che ospita la pagina, illustrato nel seguito. 

The Molecular Toolkit

http://arbl.cvmbs.colostate.edu/molkit/index.html
Un utile insieme di strumenti online per analizzare acidi nucleici e proteine. Sito curato da R.A. Bowen, dell’Università di Stato del Colorado.

 

Problemi sulla tecnologia del DNA ricombinante http://www.biology.arizona.edu/molecular_bio/problem_sets/Recombinant_DNA_Technology/recombinant_dna.html
Ancora una volta The Biology Project (Università dell’Arizona) ci presenta questo utile sito per testare le nostre conoscenze di base sulla tecnologia del DNA ricombinante. Le domande sono tutte a scelta multipla. Se viene fornita una risposta errata, viene presentata una dettagliata pagina didattica che spiega la teoria alla base della domanda. Un potente strumento didattico, specialmente a scopo di ripasso e revisione degli argomenti.

 

The J. Craig Venter Institute

http://www.tigr.org/

Il J. Craig Venter Institute si è costituito nel 2006 dalla fusione di diverse organizzazioni di ricerca: The Institute for Genomic Research (TIGR), The Center for the Advancement of Genomics (TCAG), The J. Craig Venter Science Foundation, The Joint Technology Center, e l’Institute for Biological Energy Alternatives (IBEA).

Attualmente il J. Craig Venter Institute è una vasta organizzazione multidisciplinare focalizzata sulla genomica.

 

GenomeBiology.com

http://genomebiology.com/home/

Questo sito presenta i più recenti articoli nella vasta area della biologia del genoma. Adattato alle vostre preferenze, vi fornirà solo gli articoli più interessanti e direttamente legati ai vostri temi di ricerca.

 

Capitolo 10

Nomenclatura dei lipidi

http://www.chem.qmul.ac.uk/iupac/lipid/

La fonte ufficiale delle regole sulla nomenclatura dei lipidi: le raccomandazioni del 1976 elaborate dalla Commissione sulla nomenclatura biochimica di IUPAC e IUB (IUPAC-IUB Commission on Biochemical Nomenclature [oggi IUPAC-IUBMB Joint Commission on Biochemical Nomenclature (JCBN) e Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (NC-IUBMB)].

 

Un’introduzione grafica alla struttura dei lipidi

http://www.nyu.edu:80/pages/mathmol/library/lipids/

Una semplice occhiata a questo sito vi rivela come piccole differenze nella composizione di una molecola lipidica possano avere effetti considerevoli sulla struttura. Basta che confrontiate l’acido palmitico (privo di legami doppi), l’acido oleico (un legame doppio) e l’acido linoleico (due legami doppi). Visualizzateli come appaiono a colpo d’occhio in forma di immagini statiche bidimensionali, oppure utilizzate i collegamenti per visualizzarne le strutture 3D con VRML (richiede il plug-in gratuito WorldView di Intervista) o in formato PDB (richiede RasMol o altro software). Fa parte della libreria online di strutture molecolari 3D dell’Università di New York (come la libreria di strutture di carboidrati, illustrata in precedenza).

 

Chimica, biologia, tecnologia e analisi dei lipidi

http://lipidlibrary.aocs.org/

Un sito estremamente completo e dettagliato su caratteristiche e proprietà dei lipidi, impieghi tecnologici, aspetti nutrizionali, metodi analitici e molto altro. Ospitato dalla AOCS (American Oil Chemists' Society).